İslami ilimlerin yeniden yapılanmasının tartışıldığı günümüzde önemli problemlerin başında Metodoloji Meselesi gelmektedir. Bu sebeple İslami İlimler Araştırması (İSAV), "Tartışmalı İlmi İhtisas Toplantıları"nda, "İslami İlimlerde Metodoloji Problemi" ana başlığı altında "Din Eğitimi, İslam Felsefesi, Kelam, İslam Mezhepleri Tarihi, Tefsir, Hadis, İslam Tarihi, İslam Hukuku, Tasavvuf, İslam İktisadı ve Dinler Tarihi" ilimlerindeki usul meseleleri ve bu hususlardaki tartışmaları 2003-2005 yıllarında 11 müstakil toplantıda ele almış; günümüz ilimlerindeki gelişmelere paralel olarak bu ilimlerde mevcut metodoloji problemleri ele alınmış ve çözüm yolları aranmıştır.